Появилось село Лыс – одно из самых отдалённых сёл Новокузнецкого района, расположено на крайнем юге области в таёжной зоне на берегу реки Белый Лыс (по имени которой и названо село), в 75 км от райцентра. Слово «Лыс» является формой древнекетского названия Лыссес, в переводе на русский язык как река леших, нечистых духов («Лыс» - леший, «Сес» - река). По указу царя Николая II от 19 сентября 1906 года потоки переселенцев хлынули в Сибирь, на Алтай, на юг Западной Сибири, в Горную Шорию. Преобладали переселенцы из северорусских губерний (Вятской, Пермской, Архангельской). Были переселенцы и с Поволжья (мордва, чуваши, марийцы). Специальным постановлением томского губернатора им отводились участки земли для расселения в Кузедеевской волости. Коренные жители этих мест – шорцы – такого наплыва русских семей не ожидали. Они уходили дальше в тайгу. К 1908 году шорцы окончательно исчезли из Кондомы, Кузедеева и Белого Камня. Некоторое количество переселенцев и осело там, где расположено нынешнее село Лыс.
Почвы Лыса малоплодородные, преобладают тяжёлые суглинки, глина, подзол. Одно из неблагоприятных факторов расположения этого посёлка – высота местности. Лыс находится на высоте 600 метров над уровнем моря.
В 1920 – 1924 годах село входило в состав Кузедеевской волости Кузнецкого уезда Томской губернии. В 1926 году в селе прожило 333 человека, велось 80 хозяйств. В 1968 году в Лысе было 276 жителей и имелось 65 личных хозяйств; располагались восьмилетняя школа, клуб, библиотека, больница, отделение связи, сельсовет. В 1989 году в селе проживало 375 человек, а в 2002 году в Лысе было 357 жителей.
На 1 января 2005 года в селе Лыс имелись основная общеобразовательная школа, библиотека, клуб, детский сад, медпункт.
На 1 января 2011 года в селе Лыс проживало 314 человек и имелось 100 личных хозяйств. В настоящее время входит в состав Кузедеевского сельского поселения Новокузнецкого муниципального района.