В городе Прокопьевске создан межшкольный музей краеведения, на основе которого позже будет основан Прокопьевский городской краеведческий музей.
Музей сформировался на базе школьного краеведческого музея «Юный историк», основанного учителем-энтузиастом М. Г. Елькиным в 1948 году. До 1953 года музей работал в общеобразовательной школе № 1, а с 1956 года – во Дворце пионеров.
14 августа 1961 года исполнительный комитет Прокопьевского городского Совета депутатов трудящихся принял решение об открытии городского краеведческого музея. В 1964 году музей получил постоянную прописку на первом этаже построенного жилого пятиэтажного дома по улице Фасадной (ныне проспект Шахтеров), в котором он располагается и по сей день.
С 1948 по 1972 гг. учащиеся провели более 20 археологических, палеонтологических, геологических и других экспедиций по югу Кузбасса. На основе собранных коллекций в 1961 году был открыт государственный музей. Экспозиция включает отделы: "Природа", "Археология", "Этнография" и "История города Прокопьевска". Имеется выставочный зал. Музей является центром методической работы по краеведению для учащихся и студентов города и области.
Научно-исследовательское и культурно-просветительское учреждение города целенаправленно собирает, хранит, экспонирует предметы материальной и духовной культуры, представляющие историческую, научную и художественную ценность.
Сегодня на площади около 1200 квадратных метров живут предметы, самому древнему из которых около 400 миллионов лет. Основной фонд музея насчитывает более 18 тысяч единиц хранения. Выставить для обозрения посетителей все эти богатства одновременно невозможно.
В рамках подготовки к празднованию 70-летия Кемеровской области в 2012 году открыт зал «Космос», уникальным экспонатом которого является подлинный космический спускаемый аппарат с ложементами для трех космонавтов. А в день рождения области 26 января 2013 года представлены новые современные экспозиции зала «Становление города Прокопьевска».
Одна из важнейших функций музея – просветительская. За полвека число посетителей приблизилось к двум миллионам человек. В последние годы особенно популярными стали автобусные экскурсии по городу, во время которых прокопчане знакомятся с историческими местами и современными культурными объектами. Ежегодно сотрудники музея проводят сотни экскурсий, лекций, бесед, консультаций и мероприятий, посвященных важным историческим датам.
В 2007 году Прокопьевский городской краеведческий музей стал лауреатом конкурса «Музей года». В 2008 году удостоен диплома «Лучшее музейное учреждение» в номинации «Проект года». В 2010-м стал победителем конкурса «Воины-шахтеры и угледобытчики в Великой Победе», объявленного Департаментом культуры и национальной политики Кемеровской области, Департаментом угольной промышленности и энергетики Кемеровской области и Фондом «Шахтерская память» имени В.П. Романова. В 2014 году музей награжден сертификатом на 100 тысяч рублей за участие в проекте "Золотое кольцо Кузбасса".
В 2017 году музей включен в состав всероссийских туристических маршрутов.
В 2018 году в музее установлен уникальный экспонат – тормозной парашют запасной парашютной системы космического спускаемого аппарата.
В 2020 году в конкурсе-интенсиве «VISITKUSBASS2021» в номинации площадка для проведения события «Зенковский парк» музей получил диплом 1 степени.
В 2020 году за участие в конкурсе профессионального мастерства «Лучший музейный работник года» в номинации «Лучший научно-исследовательский проект» ведущий методист Татьяна Анатольевна Чебакова заняла 1 место.
В сентябре 2020 года за участие в финале II Всероссийского командного конкурса «Диво России – Золотой бренд», номинация «Лучший проект. Города России», за участие в финале конкурса «Мастера гостеприимства», г. Москва, директор краеведческого музея – Светлана Владимировна Гафарова получила диплом участника финала.
Материалы музея и статьи научных сотрудников публикуются в городской прессе и в популярных краеведческих альманахах «Разыскания», журнале «Уголь Кузбасса», в сборниках тематических межвузовских конференций.