Основана д. Бердюгино Крапивинского муниципального округа. По данным «Списка населенных мест Зап.-Сиб. края» (1927г.) деревня основана в 1625 г. В. М. Шабалин определяет время основания села началом 19 века. Однако в 1763 г. в деревне насчитывалось 28 д.м.п., в 1811 г. насчитывалось 76 д.м.п., в 1858 г. 325 жителей в 58 хозяйствах. Наиболее активно деревня заселялась в эпоху переселенческого движения в начале ХХ века: если в 1911 г. в ней насчитывалось 550 жителей, то к 1920 г. стало 1100 жителей в 198 хозяйствах. В смутные годы гражданской войны население несколько уменьшилось до 856 жителей в 165 хозяйствах.
Деревня расположена на реке Южная Уньга.
В 1929 г. в д. Бердюгино было образовано 3 колхоза: «Красный пахарь», «Боец труда», «им. Ленина».
В 1968 г. располагалась вторая ферма совхоза «Мельковский», имелись начальная школа, клуб, медпункт, библиотека.
В годы перестройки численность населения неуклонно падала и к 1994 г. составила всего 237 жителей в 128 хозяйствах.