Основано село Лукошкино Топкинского района.
Село Лукошкино расположено на берегу реки Берёзовая, основана пашенным крестьянином Иваном Фёдоровичем Вяткиным. Название деревни по одним сведениям произошло от слова «лукошко», место расположения села богатой ягодами, грибами, лекарственными травами, по другим сведениям, по фамилии основателей деревни - крестьян-переселенцев Лукошкиных.
В 1918 году в деревне был создан Сельский совет. С 1920 года по 1924 год деревня Лукошкино входила в состав Тарсминской волости Щегловского уезда Томской губернии. Численность жителей менялась таким образом: в 1763г. проживало 16 человек, в 1795г. – 37, в 1859 г.– 64, в 1893г. – 92, в 1904 г.– 384, в 1911г.– 1151, в 1926г. – 833 жителя, имелась церковь, церковно-приходская школа и две мельницы. В 1945 г. численность жителей составляла 549 человек, в 1968 г.– 848, в 1997г. – 373, в 2013г. – 336 человек.