Томскими служилыми людьми был построен Верхотомский острог как военная крепость на границе Томского и Кузнецкого уездов для отражения набегов калмыков и киргизов. Через него проходила дорога из Томска в Кузнецк. В 1700 приказчик В. о. томский сын боярский Р. Жуковский во главе отряда из 100 конных казаков пробился к осажденному киргизами Кузнецку и снял осаду. Но очень скоро острог стал одним из центров земледельческого освоения Верхнего Приобья: в 1670 году томские воеводы приняли решение о заведении казенной пашни в этих местах силами 30 ссыльных людей. Уже в 1672 году при Верхотомском остроге числилось 28 крестьянских дворов. Первые деревни в районе острога были учтены переписью 1703 года: Щеглова при устье р. Глубокая, Макарова. "Находится на высокой горе и построен четырехугольным полисадом с боевой башней над воротами, которая снабжена одной медной полуфунтовой и одной чугунной двухфунтовой пушками. В остроге находятся изба приказчика, судная изба и амбары. Вокруг установлены рогатки и надолбы. Вне острога находятся частные дома вместе с церковью Вознесения господня» - писал академик Миллер в 1734 году. Он являлся административным центром 7-го дистрикта, насчитывающего 35 деревень и приходским центром (церковь во имя Вознесения Господня). В конце 18 начале - 19 веков Верхотомский острог из военной крепости превратился в обычное крестьянское село Западной Сибири, а ныне на месте бывшего Верхотомского острога находится село Верхотомка (Кемеровский район).
Сейчас село Верхотомское – административный центр сельской территории Кемеровского района с населением около 1,5 тыс. жителей, вновь открыт приход Вознесенской церкви.
Есть здесь камень, посвящённый основанию Верхотомского острога, на плите которого высечено: «Того, 1665 году был поставлен по Томи реке Верхотомский Острог».