Крестьяне-переселенцы из Ишимской волости Тобольской губернии основали на правом возвышенном берегу реки Яи село Ишим.
С середины XIX века и до1914 – время наибольшего расцвета села и превращение его в одно из волостных центров Томской губернии. К этому времени в Ишиме проживало 1619 жителей. Появляются общественные здания: почтовая станция, тюремный этап, школа лечебница, небольшой кожевенный заводик, мельница. Строятся многочисленные трактиры, торговые лавки, заезжие дворы. Главным украшением села была Спасская церковь, построенная во второй половине 19 века.
С Ишимом связано немало знаменитых имен. Писатель Александр Николаевич Радищев, упоминал село Ишим в своих «Записках путешествия в Сибирь». Именно через село пролегал путь декабристов на каторгу, проезжал здесь и Чернышевский Н.Г. по пути в сибирскую ссылку.
С 1920-х до 1960-х годов село Ишим входило в состав Ижморского района. С 1967 года по 2005 год село было центром Ишимской сельской территории Яйского района. С конца 60-х до середины 90-х годов в селе размещалось отделение совхоза «Улановский». В конце 90-х данное сельхозпредприятие было реорганизовано в крестьянское сельскохозяйственное предприятие «Ишимское». В настоящее время КСП «Ишимское» реорганизовано в производственный сельскохозяйственный кооператив «Рассвет». С 2005 года село входит в состав Улановской сельской территории.
В настоящее время в селе имеются: МКОУ «Ишимская основная общеобразовательная школа», группа дошкольного образования «Сказка», сельский клуб, фельдшерско-акушерский пункт, сельская библиотека-филиал № 11 и несколько частных магазинов. Количество жителей в 2010 г. составляло – 406 человек, в 2015 г. – 420 человек.