Впервые вопрос о строительстве церкви в Салаире встал в 1801 году, когда группа рудничных служителей обратилась к управляющему Федору Савельевичу Ваганову с просьбой исходатайствовать у начальства позволения к постройке при Салаирском руднике церкви. Вскоре в Салаире была построена небольшая деревянная часовня. Строили ее всем миром, общими усилиями, лес был бесплатным, поэтому обошлась она относительно дешево—всего лишь 43 рубля 92 копейки. В 1802 году часовня была построена. Год спустя в Салаире появился молитвенный дом. Молитвенный дом позволил салаирцам создать необходимую базу для строительства первой в рудничном поселке деревянной церкви.
В декабре 1809 года случился пожар, часовня и молитвенный дом сгорели дотла.После пожара салаирцы решили не восстанавливать их, а строить новую церковь. Сооружали церковь всем миром. Каждый давал сколько мог: кто рубль, а кто и пятак. Из архивной тетради записей пожертвований на церковь за 1811 год известно, что управляющий рудником Аболтин пожертвовал на церковь 50 рублей, мещанин Кривоногов—25 рублей, лекарь Ложников—10 рублей, штейгер Христиан Вецель—2 рубля, лекарский ученик Пропотопов—1 рубль, канцелярист Кротов—1 рубль, писарь Меновщиков—50 копеек.
В феврале 1829 года на рудник приехал протоирей Дергачев из Кузнецкого духовного правления. Вместе с управляющим Салаирским рудником Меннусом он выбрал место для деревянной церкви на каменном фундаменте. В клировых ведомостях, хранящихся в Томском Государственном Архиве, датируется: «29 июня 1931 года начата постройка церкви во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла. В 1934 году постройка окончена. Освящение Петропавловской церкви состоялось 19 февраля 1835 года, что явилось крупным событием для жителей края. Здание церкви было деревянное, без колокольни, фундамент каменный. Построенная деревянная церковь просуществовала недолго. В ноябре 1858 года Салаирский рудник пережил большую беду: страшный пожар, в котором до основания выгорела лучшая часть Салаира. Огонь уничтожил центральную улицу, дома начальства и церковь.
Вскоре после этого события салаирцы построили еще одну деревянную церковь. Наученные горьким опытом, салаирцы поставили ее в стороне от поселка, не слишком величественную, но аккуратную. Помогал своими средствами строить церковь местный купец Дмитрий Дмитриевич Бекенин. Освящена эта церковь была в 1861 году и названа в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Но на этом жители Салаира не остановились. В начале 60-х годов они начинают хлопотать о строительстве кирпичного храма.
Строительство новой каменной церкви началось 1900-м году, освящена 8 апреля 1907 года. В 1933 году она была закрыта и многие годы находилась в запустении. Восстановлена только в 1989 году.