Создан Кузбасский областной гепатологический центр приказом ГУЗО №285 от 22.06.1967г. на базе многопрофильной клинической больницы №3 им. М. А. Подгорбунского. Статус областного центра подтверждён Приказом ГУЗО №207 от 27.05.1993. Идея создания принадлежала профессору Израилю Азрильевичу Шраеру, а реализовал ее доктор медицинских наук профессор Аркадий Ильич Краковский. В настоящее время в КОГЦ ежегодно консультируют более 6000 больных.
13 января 2014 г. в центре впервые была проведена операция по пересадке печени.