Основано село Зарубино Топкинского района.
По сведениям краеведа М. А. Перминой, деревня Зарубина (Зарубино) основана в 1784 году в результате внутриволостной миграции в пределах Тарсминской волости. Деревня была названа по фамилии своего основателя – крестьянина д. Каменной Федора Васильевича Зарубина. В источниках встречается параллельное название деревни Зарубино - Ревуново (Реуново).
По сведениям краеведа А. П. Петренко, в 1854 году в деревне уже существовал молельный дом... В 1865 году в деревне было открыто здание храма Свято-Троицкой церкви. «В селе насчитывался 31 двор с 231 жителем…. В 1887 году открылась церковно-приходская школа…».
В 1923 году в селе «было уже 301 хозяйство с населением около 1730 человек…. Была сельская начальная школа, медпункт, 3 водяные мельницы, 3 частные торговые лавки и одна государственная лавка от Мариинского спиртзавода, частный конезавод Плотниковых, церковь».
В 30-х годах во времена коллективизации в селе Зарубино возникли два колхоза: «на левом берегу речки Стрельны – колхоз им. Сталина, на правом – «Трудовое знамя». Тяжелым бременем на село легли репрессии. Многие были необоснованно репрессированы. Был расстрелян в 1937 году и священник с. Зарубино Александр Иванович Крестовоздвиженский.
В годы Великой Отечественной войны на фронт ушло 200 зарубинцев. Погибли многие сельчане, не вернулись: «три брата Горбачевых, два брата Борисовых, Волковых, Голова, Ивашковых, Кунгуровых, Маримон и др. Не вернулись семеро Торгунаковых, четверо Коноваловых, трое Назимовых и трое Чураковых».
В послевоенные годы в 1962 году образован совхоз «Зарубинский», который много лет был ведущим совхозом в сельском хозяйстве Топкинского района. И неоднократно, в 1967 и 1982 годах завоевывал переходящее Красное знамя ЦК КПСС и Совета министров СССР.
В настоящее время в Зарубинском сельском поселении работает СХПК «Элита». Несмотря на трудности, хозяйство всегда дает высокие показатели. 16 декабря 2002 года «За заслуги и достижения, способствующие развитию России» кооператив «Элита» был награжден Дипломом ордена «Почетный знак Петра Великого». В Кузбассе этой награды удостоены только два хозяйства.
Сегодня в селе 2 школы, детский сад, модельная библиотека школа искусств, культурно-досуговый центр, стадион, больница, 9 магазинов, отделение почтовой связи, АТС, участок №5 Топкинской РЭС, участок ЖКХ.