1704 год

Основана деревня Мальцево казачьим сыном Григорием Мальцевым на реке Чубур, в 58 верстах от Томска. В 1811 году в материалах шестой ревизии населения в Мальцево было перечислено 12 крестьянских семей, из них 9 семей Мальцевых и 3 семьи Елгиных. Деревню Мальцево от полного исчезновения спасло то, что в первой четверти XIX века в районе деревни началась прокладка и обустройство Большого Сибирского тракта. На новый участок тракта к 1820 году были переселены все жители соседних деревень. К 1830 году сюда же, на Сибирский тракт, были переселены все жители деревни Алабугиной. Таким образом, рядом с деревней Мальцево была образована новая деревня, получившая название Новомальцево, в которой по 8 ревизии населения в 1834 году было учтено 53 души мужского пола. В Мальцево было учтено 22 души мужского пола. С 1859 года деревни Мальцево и Новомальцево учитывались как один населенный пункт с названием деревеня Мальцево. В 1904 году в деревне Мальцево учтено 52 двора и 279 жителей. К концу XX века в деревне появилась церковная школа грамоты и водяная мельница. В 1926 году в деревне было учтено 148 хозяйств и 698 жителей. С 1924 по 1935 годы Мальцево входило в состав Болотнинского района, являясь центром Мальцевского сельсовета. С 1935 года Мальцево входит в состав Юргинского района, являясь сначала центром Мальцевского сельсовета, а затем сельского поселения.