Постановлением Святейшего Патриарха Московского Алексия II и Священного Синода от 11 июня 1993 года определено: образовать Кемеровскую епархию Московского Патриархата, выделив ее из состава Красноярской епархии, с последующим утверждением этого решения на Архиерейском Соборе. Правящему архиерею носить титул Кемеровский и Новокузнецкий. Временно управление Кемеровской епархией поручено епископу Томскому Софронию (в миру Дмитрий Иванович Будько), викарию Новосибирской епархии. В октябре 1993 года временный управляющий Кемеровской епархией епископ Софроний решением Священного Синода окончательно утвержден в занимаемой должности. На тот год на территории Кузбасса насчитывалось 62 действующих прихода, шесть из которых были приписными. Окормляли эти приходы 62 священнослужителя. Многие приходы не имели типовых храмовых зданий, а располагались в бывших столовых, магазинах и Домах культуры. В первые же дни правления Владыки Софрония были образованы шесть благочиннических округов - Кемеровский, Новокузнецкий, Киселевский, Ленинск-Кузнецкий, Беловский, Анжеро-Судженский и Мариинский. Все отцы-благочинные вошли в епархиальный совет, который на одном из первых своих заседаний избрал секретаря Кемеровской епархии - настоятеля Никольского собора г. Кемерово протоиерея отца Алексия. Одним из главных событий первого года существования Кемеровской епархии стал приезд в Кузбасс 14 - 15 сентября Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Предстоятель Русской Православной Церкви посетил Никольский храм и строящийся Знаменский собор, освятил закладной камень под часовню в память о погибших шахтерах. К зиме 1993 года десятая часть часовни-памятника была уже выстроена. В феврале 1998 года за усердные труды во славу Святой Церкви по благословению Святейшего Патриарха Алексия II, Владыка Софроний был возведен в сан архиепископа. В 2003-й юбилейный год Кемеровская епархия вошла, имея в своем составе: 18 благочиннических округов, объединяющих 239 приходов. Духовная жизнь окормлялась 203 священнослужителями. В 176 воскресных школах работали 462 педагога и обучалось 7035 учеников. Постановлением Святейшего Патриарха Алексия и Священного Синода от 19 июля 2006 года архимадриту Аристарху (Смирнову), насельнику Троице-Сергиевой лавры, определено быть епископом Кемеровским и Новокузнецким. 20 августа 2006 года в московском кафедральном соборе Христа Спасителя состоялась церемония хиротонии архимандрита Аристарха. Он получил сан епископа Кемеровского и Новокузнецкого и архиерейский жезл. В 2012 году структура Кемеровской епархии претерпела значительные изменения. Решением Священного Синода Русской Православной Церкви в пределах Кемеровской области образована Кузбасская митрополия, в которую вошли Кемеровская, а также две новые самостоятельные епархии: Мариинская и Новокузнецкая. Они были выделены из состава Кемеровской и Новокузнецкой епархии. Управляющим Кемеровской епархией, а также главой Кузбасской митрополии назначен Преосвященнейший епископ Аристарх(Смирнов) с титулом "Кемеровский и Прокопьевский". Ему же поручено временное управление Новокузнецкой епархией.