Приказом государственного таможенного комитета при Совете Министров СССР № 53 на территории Кемеровской области была создана Кузбасская таможня. Кемеровская область была разделена на две зоны ответственности: север Кузбасса стал относиться к юрисдикции Кузбасской таможни, а юг - к Новокузнецкой. Окончательные очертания таможня приобрела 1 сентября 2000 года, когда приказом ГТК России № 761 на основе Кузбасской и Новокузнецкой была создана единая Кемеровская таможня, которую возглавил А.П. Береснев. Кемеровская таможня имеет статус внутренней таможни с элементами пограничной (международный аэропорт) и располагается в столице Кузбасса – г. Кемерово. На сегодняшний день в состав Кемеровской таможни входит 6 таможенных постов: Кузбасский, Ленинск-Кузнецкий, Беловский, Прокопьевский, Новокузнецкий и Междуреченский. Здесь трудятся более 400 сотрудников. В настоящее время начальником Кемеровской таможни является Третьяков Сергей Дмитриевич.
История таможенного дела в Кемеровской области началась в ноябре 1989 года, когда первый таможенник появился на территории Кемеровской области в должности уполномоченного Иркутской таможни по нашему региону.